Perkembangan Bioinformatika di Dunia dan Kondisinya di Indonesia

January 11, 2008 at 9:03 pm

[Seminar ITB, Senin, 20.11.2006; Oleh Arief B. Witarto] Penerapan teknologi komputasi pada biologi sudah dikenal lama yang dikenal luas dengan nama bidang biologi komputasi seperti diwakili dengan adanya himpunan profesi International Society for Computational Biology.

Aplikasi yang menonjol terdapat pada pengolahan data biologi dalam jumlah besar seperti data kristalografi sinar X protein, dll. Tetapi sekarang bidang bioinformatika lebih dikenal oleh masyarakat luas. Bioinformatika belum lama ini lahir karena latar belakang kemajuan ilmu dan teknologi biologi/bioteknologi akibat revolusi om pada bidang biologi molekuler, dimana pada saat yang bersamaan terjadi revolusi teknologi informasi dan komputasi. Jadi dua revolusi penting (om dan tik) bersinergi, melahirkan bioinformatika.

Bioinformatika pun berkembang pesat pada pengolahan data genom yang menjadi fondasi informasi biologi. Aplikasinya termasuk perakitan segmen ratusan pasang basa DNA menjadi satu sekuen genom utuh dengan ukuran mencapai milyaran pasang basa (genome assembling), prediksi keberadaan gen dan perangkat pelengkapnya seperti promotor dalam genom (gene annotation), sampai kepada prediksi fungsinya (functional genomics).

Meningkat pada tingkat informasi biologi lebih tinggi, bioinformatika mempercepat perkembangan teknologi transkriptom dengan penambangan data multi-dimensi ekspresi gen hasil eksperimen dengan perangkat DNA microarray/DNA chip. Selanjutnya pada tingkat berikut, proteom, aplikasi bioinformatika menjadi lebih bervariasi karena molekul protein lebih komplek. Komputer tercepat di dunia pun, seperti BlueGene/L (IBM) dan MDGrape 3 (RIKEN) diperuntukkan khusus untuk bioinformatika pelipatan/folding protein (molecular dynamics).

Pada tingkat yang lebih menantang tapi masih penuh ketidakpastian, bioinformatika mulai diterapkan pada metabolom (systems biology), dst. Walau aplikasi bioinformatika sangat beragam, semuanya memenuhi 3 komponen utama yaitu penggunaan atau perancangan pusat data/database, analisis berdasar pencarian kesamaan serta pola, dan prediksi/simulasi.

Di Indonesia, bioinformatika dimanfaatkan terutama oleh pengguna biologi dengan mayoritas pada analisis sekuen DNA/protein yang bersifat 1 dimensi dan sebagian kecil pada analisis 3 dimensi (struktur protein) dan multi dimensi (transkripsi gen). Kontribusi pakar komputasi sangat diharapkan untuk sinergi yang positif bagi pengembangan selanjutnya. Vietnam telah berjaya pada tingkat ASEAN – hanya dibawah Singapura dan setara dengan Thailand serta Malaysia – karena keterlibatan bidang komputasi yang menonjol dengan penggunaan GRID Computing dan pengembangan perangkat lunak orijinal. Sementara Indonesia pada kelas ke-3 bersama Filipina, hanya di atas negara-negara seperti Brunei, Kamboja, dll (Hasil dari ASEAN-India Bioinformatics Workshop diselenggarakan oleh Pemerintah India dan ASEAN Committee on Science and Technology, Nov. 2005).

Abstrak sebagai pembicara undangan pada Seminar Reguler Kelompok Keahlian Matematika Industri dan Keuangan, FMIPA-ITB di Ruang Seminar I.1 dan I.2, Departemen Matematika, FMIPA-ITB.

Entry filed under: 1. BIOTEKNOLOGI, Bioinformatika. Tags: .

Deptan Dukung Cukai Rokok Naik Pembangunan Klaster Bioteknologi untuk Hadapi Epidemi


Categories

January 2008
M T W T F S S
     
 123456
78910111213
14151617181920
21222324252627
28293031  

Blog Stats

  • 117,991 hits

%d bloggers like this: